1910 schrieb der Theologe Siegmund-Schultze: „Das Christentum […] kann den organisierten Massenmord nicht heilig sprechen, sondern muss erklären, dass Kriegsführen gegen den Willen Jesu ist!“ Schon vor dem Ersten Weltkrieg engagierte er sich für Völkerverständigung und gegen Krieg. Er organisierte die internationale Konferenz in Konstanz, auf der am 2. August 1914 der „Weltbund für  Freundschaftsarbeit der Kirchen“, gegründet wurde, aus dem auch der Internationale Versöhnungsbund hervorging. Zwischen den beiden Weltkriegen arbeitete er an der Durchführung von internationalen Kirchenkonferenzen mit, die über nationale Grenzen hinweg mithelfen sollten, die kriegstreibenden „Mächte des Hasses“ zu überwinden. Mit seiner Zwangsemigration in die Schweiz im Juni 1933 musste auch die Zeitschrift „Die Eiche“, die er seit 1913 herausgegeben hatte, ihr Erscheinen einstellen. Im Exil war Siegmund-Schultze in der Flüchtlingshilfe tätig und unternahm 1941 für den deutschen Widerstand den Versuch zu Friedensverhandlungen mit den Alliierten. 

Nach dem Zweiten Weltkrieg setzte er sich in Deutschland mit großem Nachdruck für das Grundrecht der Kriegsdienstverweigerung aus Gewissensgründen ein. Friedrich Siegmund-Schultze war 1957 Gründungsmitglied und erster Vorsitzender der Zentralstelle für Recht und Schutz der Kriegsdienstverweigerer aus Gewissensgründen.